La intuición indicaría que en los gemelos idénticos, al ser monocigóticos, posean las mismas huellas digitales. Aun cuando ambos gemelos proceden de la combinación del mismo óvulo y el espermatozoide y su ADN es virtualmente indistinguible, sucede que las huellas dactilares no son del todo una característica genética.
Las huellas dactilares son parte de un "fenotipo" lo que significa que están determinadas por la interacción de los genes de un individuo y el medio ambiente intrauterino (diferentes niveles hormonales, la nutrición, la presión arterial, la posición en el útero y la tasa de crecimiento de los dedos al final de el primer trimestre).
Las pequeñas diferencias entre huellas dactilares surgen al azar de los acontecimientos locales durante el desarrollo fetal. Los genes determinan las características generales de los patrones de las huellas dactilares. Sin embargo, en el interior del útero, el tejido del dedo entra en contacto con el líquido amniótico, otras partes del feto y el útero.
Algunos expertos señalan, por ejemplo, que al tocar el líquido amniótico durante las semanas 6-13 de gestación cambia significativamente los patrones de las huellas dactilares del feto. En general, las huellas dactilares gemelos idénticos tienden a ser similares, pero siempre habrá diferencias sutiles por lo que sus huelas serán distintas.
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